Πιλοτική Λειτουργία
Η Νεολιθική Μεσσηνία (6500-3100  π.Χ.)
Στεατοπυγικό γυναικείο ειδώλιο από τη Μάλθη © ΕΦΑ ΜεσσηνίαςΗ δυτική Πελοπόννησος και συγκεκριμένα η Μεσσηνία έχει να επιδείξει λιγότερα και όχι τόσο καλά οργανωμένα δείγματα κατοίκησης Νεολιθικής περιόδου συγκριτικά με άλλες περιοχές της Πελοποννήσου, όπως η Αργολίδα (Φράγχθι) ή η Λακωνία (Αλεπότρυπα). Ωστόσο, το Αρχαιολογικό Πρόγραμμα της Πύλου (Pylos Regional Archaeological Project) καθώς και  οι κατά τόπους ανασκαφές, αρχής γενομένης από αυτήν της ακρόπολης της Μάλθης στο α' μισό του 20ού αιώνα, έφεραν στο φως αρκετές νεολιθικές θέσεις, ιδιαίτερα της Τελικής Νεολιθικής και απέδειξαν ότι και η Μεσσηνία αποτελούσε τμήμα του δικτύου εμπορικών συναλλαγών του Αιγαιακού χώρου, τόσο ανεπτυγμένου την περίοδο αυτή, αφού βρέθηκαν όπλα και εργαλεία από οψιανό και άλλες “εισηγμένες”  πρώτες ύλες. Οι θέσεις κατοίκησης μαρτυρούν κυρίως μια γεωργοκτηνοτροφική ενασχόληση των κατοίκων, ενώ στην ύστερη Τελική Νεολιθική (ή Χαλκολιθική) περίοδο δεν λείπουν και οι βιοτεχνικές δραστηριότητες. 

Από τις κυριότερες νεολιθικές θέσεις κατοίκησης είναι το Σπήλαιο Κουφιέρου, που βρίσκεται στην τριφυλιακή ενδοχώρα, επάνω στο ομώνυμο βουνό και απέναντι από το χωριό Παλαιό Λουτρό (παλαιά ονομασία Αλικοντούζι). Εδώ εντοπίζονται τα πρώτα ίχνη μόνιμης κατοίκησης στην Νεολιθική περίοδο της Μεσσηνίας. Πρόκειται μάλλον για εγκατάσταση γεωργών και κτηνοτρόφων. Τα ευρήματα περιλαμβάνουν κυρίως λίθινα εργαλεία και όστρακα κεραμικής. 

Νεολιθικό λίθινο εργαλείο, Μουσείο ΠύλουΚτηνοτρόφοι ήταν μάλλον και οι  πρώτοι κάτοικοι του Σπηλαίου του Νέστορα, όπου τα δείγματα κατοίκησης ανάγονται στην 5η χιλιετία π.Χ. Πρόκειται κυρίως για εργαλεία από οψιανό, που επιβεβαιώνουν τις επαφές με τον αιγαιακό χώρο και την ανατολική Πελοπόννησο. Σύμφωνα με νεότερες μελέτες, ενδέχεται το σπήλαιο αυτό, όπως και άλλα σπήλαια της νεολιθικής περιόδου, να λειτουργούσαν περισσότερο ως κέντρα συνάθροισης των γύρω πληθυσμών για τέλεση συγκεκριμένων τελετουργιών και να μην αποτελούσαν χώρους μόνιμης κατοίκησης.  

Νεολιθικά ευρήματα έχει  δώσει επίσης και η θέση της Ακρόπολης της Μάλθης. Ο ανασκαφέας, Natan Valmin, προσδιόρισε ότι η θέση κατοικήθηκε για πρώτη φορά στην Τελική Νεολιθική, ωστόσο τα ευρήματα είναι σποραδικά. Μεταξύ αυτών ξεχωρίζει στεατοπυγικό ειδώλιο από στεατίτη. Εικονίζει καθιστή γυναικεία φιγούρα και η οπή που φέρει  μαρτυρεί ότι είχε χρήση περίαπτου

 Σποραδικά ευρήματα Νεολιθικής περιόδου έχουν εντοπιστεί επίσης στους Γαργαλιάνους, στην περιοχή του Εγκλιανού και, τέλος, στο σπήλαιο της Καταβόθρας μέσα στη Χώρα. Η είσοδος του υπόγειου σπηλαίου βρίσκεται στην οδό Αριστοτέλη Κοκκέβη. Το σπήλαιο ανασκάφηκε από τον Σπυρίδωνα Μαρινάτο το 1955. Εντοπίστηκε πλήθος αγγείων, το πλουσιότερο ίσως σύνολο που έχει βρεθεί στη Μεσσηνία, χρονολογούμενο στη Νεότερη Νεολιθική. 

 Σπήλαιο  Νέστορα. © ΕΦΑ ΜεσσηνίαςΣτη νότια Ελλάδα και ιδιαίτερα στην Πελοπόννησο εμφανίζεται μια ενδιάμεση χρονική φάση, μεταξύ Νεολιθικής και Πρωτοελλαδικής, η λεγόμενη Χαλκολιθική περίοδος. Κατά την περίοδο αυτή εμφανίζεται για πρώτη φορά χρήση χαλκού σε εργαλεία, όπως αυτά που εντοπίστηκαν στον Άγιο  Δημήτριο (Λέπρεο) Τριφυλίας. Η τελευταία αυτή θέση ήταν από τις πιο σημαντικές κατά την τελική νεολιθική στη Βόρεια Μεσσηνία.